一、參保人員不同

居民醫保的參保人群主要是農村居民、城鎮非就業居民、在校學生、有些城市規定的在統籌區取得居住證（12周歲以下少年兒童，其監護人具有統籌區戶籍或居住證可視同取得居住證）的常住人口、在內地（大陸）居住且辦理港澳臺居民居住證的未就業港澳臺居民、在內地（大陸）就讀的港澳臺大學生。

職工醫保的參保人群是在職職工、靈活就業人員、個體工商戶等。注意，如果預算充足，居民參加靈活就業人員的職工醫保，可以獲得更高的報銷比例，還有到達累計繳費年限后的退休免繳待遇。

二、繳費情況不同

居民醫保按年繳費，繳一次保一年，由居民本人繳費，同時會享受一定的政府財政補貼。

職工醫保按月繳費，單位職工繳費由單位按月代扣代繳，費用由單位和個人共同繳納；靈活就業人員的醫保費用由個人全額承擔，部分符合條件的，可以申請醫保繳費補貼。

三、保障程度不同

與職工醫保相比，居民醫保的報銷比例相對較低一些。國家醫保局公開數據顯示，目前我國職工醫保、居民醫保政策范圍內住院費用報銷比例分別達到80%以上和約70%左右。

四、是否有個人賬戶不同

城鄉居民醫保已經取消了醫保個人賬戶，參保人繳納的錢全部納入統籌賬戶里，居民醫保參保人可以通過門診統籌享受門診費用結算報銷。

職工醫保包括統籌賬戶和個人賬戶，用人單位繳納的基本醫療保險費全部用于建立統籌基金，職工個人繳納的基本醫療保險費，計入個人賬戶。也就是說，除了門診統籌外，職工醫保有個人賬戶，可用里面返的錢在看病時支付門診統籌報銷外的費用。

不過，無論選擇哪種基本醫療保險，都不能重復參保，即參保人不能在同一時間段內有兩條及以上參保繳費狀態正常的參保信息。重復參保人員不能重復享受醫保待遇，按照優先享受職工醫保、大學生身份醫保待遇、常住地醫保待遇的原則，享受相應的醫保待遇。